Benutzer sollten einige Änderungen der Standard-Einstellungen von TeXShop in Betracht ziehen. Die meisten dieser Änderungen basieren auf Besonderheiten einiger Bildschirme und können daher erst später festgelegt werden.
Normalerweise öffnet TeXShop das Vorschau-Fenster an der Stelle, an der es zuletzt geöffnet war. Das macht dann Sinn, wenn Sie meist mit höchstens einem Dokument arbeiten. Es kann besser sein das Quelltext- und Vorschau-Fenster in einer optimalen Position zu öffnen. Um diese Einstellung zu treffen, setzen Sie ein beliebiges Dokument. Platzieren Sie nun die Fenster an die gewünschte Position auf dem Bildschirm. Wenn Sie genügend Platz auf dem Bildschirm haben, wird es das Beste sein, beide Fenster neben einander anzuordnen. Öffnen Sie nun den Titel „Dokument“ in den Einstellungen. Markieren Sie „Fenster immer an fester Position“ und klicken Sie dann auf „Aktuelle Position merken“. Treffen Sie die selben Einstellungen unter dem Titel „Voransicht“.
Wollen Sie die Vergrößerung im Vorschau-Fenster einstellen, müssen Sie wie folgt vorgehen. Benutzen Sie den Vergrößerungsknopf im Vorschau-Fenster um die optimale Vergrößerung festzustellen. Tragen Sie diesen Wert unter dem Titel „Voransicht“ in den Einstellungen ein und klicken Sie auf „Anwenden“. Schließen Sie den Dialog nun mit „OK“ ab.
Schließlich können Sie sich über Sicherheitsfragen Gedanken machen. Normalerweise ist TeXShop so eingestellt, dass es pdftex und pdflatex erlaubt andere Programme während des Setzens aufzurufen. Wenn pdftex zum Beispiel eine Grafik in einem Format findet, das es nicht erkennt, ruft es ein Konvertierungsprogramm auf, das diese Grafik in ein für pdftex erkennbares Format umwandelt. So werden eps-Dateien in pdf und gif-Dateien in das png-Format konvertiert.
Diese Einstellung macht es jedoch möglich jedes beliebige Programm aufzurufen. Dies kann dazu führen, dass eine bösartige TeX-Quelldatei, die Sie per E-Mail erhalten, ihr System beschädigen könnte. Daher könne Sie unter dem Titel „Programme“ die Einstellung „Shell Escape Warnung“ ein- oder ausschalten. Hierdurch werden Sie, wenn Sie eine Datei zu ersten Mal setzen, gefragt, ob pdftex ein anderes Programm aufrufen darf. Hierdurch können sie die automatische Konvertierung für ihre eigenen Programme benutzen, für fremde Programme jedoch jeweils die sichere Lösung wählen und einen Aufruf anderer Programme unterbinden.